Katedra i Klinika Chirurgii i Urologii Dziecięcej we Wrocławiu została powołana decyzją Ministra Zdrowia w październiku 1955 r. jako czwarta klinika tej specjalności w Polsce.
Pierwszym kierownikiem został dr Adam Michejda. Po jego śmierci w 1961 roku, Kliniką kierował przez dwa lata dr Jerzy Zawartka. W 1963r. kierownictwo Kliniki przejął Prof. Jan Słowikowski, który kierował Kliniką do października 1985r. Największą zasługą i największym osiągnięciem organizacyjnym profesora jest wybudowanie od podstaw nowego budynku Kliniki. Od 1985 roku kierownikiem Kliniki był Prof. Jerzy Czernik, któremu społeczność akademicka powierzyła od roku 1993 na dwie kadencje funkcję Rektora Akademii Medycznej we Wrocławiu. Od 2008 roku funkcję kierownika Kliniki pełni Prof. Dariusz Patkowski, który pracuje w Klinice od 1986 roku, od początku swojej kariery zawodowej.
Klinika pełni rolę ośrodka referencyjnego dla Makroregionu Dolnego Śląska, ale przyjmowani są także pacjenci z innych regionów Kraju (stanowią około 10% hospitalizowanych). Rocznie w Klinice hospitalizowanych jest ponad 2800 pacjentów, w tym około 200 noworodków, wykonuje się około 2500 procedur zabiegowych rocznie. Przy Klinice działają trzy poradnie przykliniczne: Poradnia Chirurgii Dziecięcej, Urologii Dziecięcej i Chirurgii Onkologicznej Dzieci i Młodzieży, w których udziela się każdego roku ponad 5000 porad. Klinika jest zaopatrzona w najnowszej generacji sprzęt medyczny, umożliwiający wykonywanie pełnego zakresu operacji chirurgicznych, w tym chirurgii endoskopowej.
Wyrazem uznania i pozycji, jaką Ośrodek zajmuje w Polsce i zagranicą, było powołanie przez Ministra Zdrowia w 1993 roku Prof. Jerzego Czernika na stanowisko Krajowego Specjalisty z zakresu chirurgii dziecięcej, którą pełnił nieprzerwanie przez 15 lat, do czasu przejścia na emeryturę.
Obecnie w Klinice pracuje, 10 lekarzy specjalistów, w tym 3 samodzielnych pracowników nauki i 5 z tytułem doktora nauk medycznych oraz 6 rezydentów.
Chirurgia noworodka od początku powstania Kliniki była podstawowym kierunkiem działalności. Pierwszy w Polsce noworodek z wrodzoną niedrożnością przełyku został zoperowany i wyleczony właśnie we Wrocławiu przez prof. A. Michejdę wraz z zespołem. Jeden z najmniejszych pacjentów, u którego w roku 2006 z sukcesem, jednoczasowo, zespolono ślepo zarośnięte końce przełyku, był wcześniakiem z masą ciała 790 g. W Klinice prowadzone są prace badawcze nad etiopatogenezą wad wrodzonych u dzieci wymagających interwencji chirurgicznej oraz uwarunkowaniami genetycznymi tych wad.
Przykładem postępu, który osiągnięto w leczeniu zaburzeń rozwojowych, jest ewolucja postępowania z noworodkami dotkniętymi wadami cewy nerwowej. W Klinice pod kierunkiem Prof. Macieja Bagłaja wdrożono nowoczesny program leczenia i zespołowej rehabilitacji u dzieci z rozszczepami kręgosłupa, przepukliną oponowo-rdzeniową i wodogłowiem, oparty na jak najszybszym zamknięciu przepukliny rdzenia kręgowego płatami skórno-mięśniowymi i jak najwcześniejszym, nawet równoczesnym, założeniu systemu drenującego układ komorowy mózgu.
Kolejne sukcesy zawodowe i naukowe Kliniki są związane z działem urologii dziecięcej. W Klinice Prof. Jerzy Czernik jako pierwszy w Kraju wprowadził metody endoskopowego leczenia wstecznych odpływów pęcherzowo-moczowodowych. W Klinice prowadzone są badania nad zaburzeniami czynności dróg moczowych w oparciu o badania urodynamiczne, które pozwalają skutecznie leczyć te zaburzenia. Ostatnio zespół Kliniki zajmuje się problemem neurogennych dysfunkcji dolnych dróg moczowych. Do codziennej praktyki klinicznej wprowadzono operacje powiększenia pęcherza moczowego. Prof. nadzw. Wojciech Apoznański zastosował, jako pierwszy w Polsce, w celu powiększenia pęcherza moczowego, uszypułowany płat pobrany z krzywizny większej żołądka.
W Klinice, jako drugim ośrodku w Kraju, w 1995 roku wykonano pierwsze zabiegi techniką laparoskopową u dzieci. Zakres wykonywanych operacji jest niezwykle szeroki, obejmuje on obecnie ponad 70% patologii wieku dziecięcego, począwszy od przepukliny pachwinowej, a skończywszy na skomplikowanych zabiegach rekonstrukcyjnych wad wrodzonych. Klinika jest wiodącym ośrodkiem w Polsce w wprowadzaniu i liczbie wykonanych zabiegów z zastosowaniem tzw. chirurgii endoskopowej. Bez wątpienia sukcesem tego zespołu było wykonanie po raz pierwszy w Polsce przez Prof. Dariusza Patkowskiego, operacji zespolenia przełyku techniką torakoskopową u noworodka z zarośnięciem przełyku. Do dnia dzisiejszego w Klinice operowano 67 pacjentów z tą wadą, nawet z masą ciała 1000g i jest to jeden z największych materiałów klinicznych w Europie i świecie. Prof. D. Patkowski wprowadził także do codziennej praktyki własną oryginalną metodę leczenia laparoskopowego przepuklin pachwinowych u dzieci stosowaną z powodzeniem w wielu ośrodkach w Kraju i zagranicą. Prof. D. Patkowski wielokrotnie był zapraszany jako wykładowca na kursach chirurgii endoskopowej w Kraju i zagranicą (Rzym, Neapol, Leeds, Lipsk, Braga, Lwów, Kijów). Ostatnio ogromnym wyróżnieniem było zaproszenie Profesora do prowadzenia wykładów podczas jednego z najbardziej prestiżowych kursów urologii dziecięcej w Europejskim Instytucie Telechirurgii w Strasburgu, Francja.
Wysoki poziom dziecięcej chirurgii onkologicznej i onkologii na Dolnym Śląsku i jej wpływ na poziom polskiej onkologii dziecięcej zawdzięczamy pracującej przez wiele lat Prof. Krystyny Sawicz-Birkowskiej. Wspólnie z Kliniką Hematologii i Onkologii Dziecięcej Profesor brała udział we wszystkich programach badawczych ogólnopolskich i w wielu zagranicznych z dziedziny onkologii dziecięcej, oraz koordynowała leczenia nerczaka u dzieci w Polsce w ramach programów naukowych Polskiej Pediatrycznej Grupy ds. Leczenia Guzów Litych.
Klinika była organizatorem dwóch Zjazdów Krajowych Chirurgów Dziecięcych w roku 1974 i 2003, trzech Ogólnopolskich Konferencji Naukowych, dwóch Sympozjów Wideochirurgii u Dzieci i licznych posiedzeń naukowych Oddziału Dolnośląskiego Polskiego Towarzystwa Chirurgów Dziecięcych.
W Klinice prowadzone są zajęcia dla studentów V roku Wydziału Lekarskiego oraz stałe kursy specjalistyczne dla lekarzy z zakresu chirurgii noworodka, urologii dziecięcej, chirurgii onkologicznej oraz endoskopowej.